分子間や残基間などの重心間距離を、以下のようなスクリプトをdistmass.shとして作成しプロットすることができる。 これは、距離に沿った自由エネルギー地形を描くために用いるかもしれない。その場合には、ある距離がどれだけの確率で出現するかが安定性の指標となる。

cpptraj <<EOF
parm ファイル.prmtop # シミュレーションに使用したパラメータファイルを読み込む
trajin ファイル.mdcrd 1 last 10 # 1フレーム目から最後のフレームまでを10フレーム間隔で読み込む
distance :1 :7 out ファイル名.dat # 1残基目と7残基目の重心間距離をプロットする
EOF

このとき、datファイルに距離の列データが書き出される。以下に、チュートリアルのmain.mdcrdを使用した場合の1残基目と7残基目の重心間距離のヒストグラムを示した。このヒストグラムから、18 Å付近にピークが存在している場合が最も安定であることが分かるだろう。


参考文献
http://ambermd.org/doc12/Amber16.pdf