あるアミノ酸残基間の二面角を、以下のようなスクリプト(dihdral.sh)で計算し、二面角の組み(phi, psi)から構成される自由エネルギー地形を解析することができる。

cpptraj <<EOF
parm ファイル名.prmtop # シミュレーションに使用したパラメータファイルを読み込む
trajin ファイル名.mdcrd 1 last 10 # 1フレーム目から最後のフレームまでを10フレーム間隔で読み込む
dihedral psi :5@C :6@N :6@CA :6@C out ファイル名.dat # 二面角を構成する4つの原子を指定する
dihedral phi :6@N :6@CA :6@C :7@N out ファイル名.dat
hist phi,-180,180,*,90 psi,-180,180,*,90 out ファイル名.gnu free 300
# phiとpsiで、それぞれに-180から180の間を90個のビンを使用して自由エネルギーを300 Kの条件で計算する
EOF

ここで、datファイルにはmdcrdファイルおける二面角の時間発展の情報が記載される。また、histコマンドによってpsiとphiで指定された二面角のデータから自由エネルギー地形が計算され、gnuの拡張子を持つファイルに結果が書き出される。この結果はGnuplotで可視化が出来る。以下に、今回のチュートリアルのmain.mdcrdを使用した場合の例の図を示した。この二面角は主に3状態を行き来していることが分かる。 二面角の関数としての自由エネルギー地形


参考文献
http://ambermd.org/doc12/Amber16.pdf