DSSP (Define Secondary Structure of Proteins)アルゴリズムと呼ばれる方法によって、たんぱく質及びペプチドの二次構造を判定し、解析することが出来る。以下のようなスクリプトをdssp.shとして作成し、実行すればよい。

cpptraj <<EOF
parm ファイル名.prmtop # シミュレーションに使用したパラメータファイルを読み込む
trajin ファイル名.mdcrd 1 last 10 # 1フレーム目から最後のフレームまでを10フレーム間隔で読み込む
secstruct :1-7 out ファイル名.gnu sumout ファイル名.dat # 1から7残基目までの二次構造を判定する
EOF

gnuの拡張子を持つファイルは、対象としている残基の二次構造のmdcrdファイルにおける時間発展を表しており、Gnuplotを用いて可視化することが出来る。datの拡張子を持つファイルは二次構造それぞれの時間平均の値が記載されている。ここでアウトプットファイルの数字や略記の対応を以下に示す。

CharacterIntegerDSSP CharacterSecondary structure type
00’ ’None
b1’E’Parallel beta-sheet
B2’B’Anti-parallel beta-sheet
G3’G’3-10 helix
H4’H’Alpha helix
I5’I’Pi (3-14) helix
T6’T’Turn
S7’S’Bend


参考文献
http://ambermd.org/doc12/Amber16.pdf