filterコマンドを使用することで、特定の特徴を持った構造だけを抽出することができる。以下ではdistanceによって残基間距離を計算した後で、ある残期間距離を持つ構造のみを取得する例を示す。filterを重ねることで、より複雑な条件で構造を抽出することも可能である。

cpptraj <<EOF
parm ファイル名.prmtop # シミュレーションに使用したパラメータファイルを読み込む
trajin ファイル名.mdcrd 1 last 10 # 1フレーム目から最後のフレームまでを10フレーム間隔で読み込む
distance dist :1 :7 # 1残基目と7残基目の間の距離を計算し、distという名前でデータセットを作成する
filter dist min 18 max 20 # distを読み込み、距離が18より大きく20より小さいの値を持つ構造だけを残す
trajout ファイル名.crd


参考文献
http://ambermd.org/doc12/Amber16.pdf