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tutorial_amber:hydrogen_bond [2019/09/23]
ytachi [AMBER]修正
tutorial_amber:hydrogen_bond [2019/09/30] (現在)
ytachi [AMBER]追加
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 +~~DISCUSSION~~
 ==== 水素結合 ==== ==== 水素結合 ====
 幾何学的な基準を使った水素結合推定を、以下のようなスクリプトをhbond.shとして作成し、実行できる。この水素結合の判定ではAccepterとDonarの距離$x_{\rm AD}$とAccepterとHydrogen、Donarがなす角$\theta_{\rm AHD}$によって決定される。この判定基準の値は、デフォルトでは$x_{\rm AD} < 3.0$、$\theta_{\rm AHD} > 135°$である。しかし、取り扱う残基の種類や、環境によってその値が適切かどうかを検討することを推奨する。 幾何学的な基準を使った水素結合推定を、以下のようなスクリプトをhbond.shとして作成し、実行できる。この水素結合の判定ではAccepterとDonarの距離$x_{\rm AD}$とAccepterとHydrogen、Donarがなす角$\theta_{\rm AHD}$によって決定される。この判定基準の値は、デフォルトでは$x_{\rm AD} < 3.0$、$\theta_{\rm AHD} > 135°$である。しかし、取り扱う残基の種類や、環境によってその値が適切かどうかを検討することを推奨する。