ここでは、溶媒分子を露わに取り扱わない隠溶媒モデルの1つであるGeneralized Born/Surface Area (GB/SA) モデルの使い方を説明する。この方法では、溶媒を連続体として近似することによって、溶媒効果を取り入れる。mdinファイルにおいて、igb = 1~8,10の範囲で指定する。AMBERには様々なGB/SA modelが用意されており、igbの値によって、それらを変更できる。この時、igbの値に合わせてパラメータファイルを作成する際に、“set default PBRadii igb毎のパラメータ”としてAmberのGBモデル(静電相互作用の項の計算に用いられる)のeffective Born radiiを変更する必要がある。これは、原子の半径に対応する値であり、以下のテーブルに示した。また、saltconの値をmdinファイルで設定することで、溶媒の塩濃度を決めることができる。この時の単位はMである。

Effective Born radiiのパラメータ
igbの値12578
原子半径mbondimbondi2mbondi2bondimbondi3


参考文献
http://ambermd.org/doc12/Amber16.pdf