RMSD(Root Mean Square Deviation)は参照構造とシミュレーションで得られた構造集団のそれぞれの構造の間のずれを記述する指標の1つである。 \begin{equation} \it{RMSD} = \sqrt{\frac{1}{N}\sum_{i=1}^{N}\left(\bf{a}_{\it i}-\bf{b}_{\it i}\right)^{2}} \end{equation} ここで、Nはフレーム数、abはそれぞれ参照構造と比較したい構造を表す。参照構造は固定されることが多く、RMSDの計算の前にシミュレーション中の各構造はその参照構造に重ねられる(RMSフィット)。そのような場合に、以下のようなスクリプトをrmsd.shとして作成し、RMSDを計算することが出来る。

cpptraj <<EOF
parm ファイル名.prmtop # シミュレーションに使用したパラメータファイルを読み込む
trajin ファイル名.mdcrd 1 last 10 # 1フレーム目から最後のフレームまでを10フレーム間隔で読み込む
reference test.pdb parm test.pdb [initial] # test.pdbを参照構造としてinitialで指定された名前で読み込む
rms :1-7 ref [initial] :1-7 out ファイル名.dat # initialの1から7残基とシミュレーションの構造を重ねてRMSDを計算する
EOF

datファイルにRMSDの変化の時系列データが書き出される。今回はチュートリアルで生成した初期構造に対して、main.mdcrdの構造を重ねた例を以下に示す。3 Å付近は初期の構造に比較的に近い構造であり、6 Å付近はより異なる構造であることが分かる。
参考文献
http://ambermd.org/doc12/Amber16.pdf