1. エネルギー最小化計算・分子動力学計算の出力ファイルをPDBフォーマットに変換するBashスクリプト(convert.sh)

cpptraj << EOF
parm ファイル名.prmtop
trajin 変換したいファイル名.inpcrd 1 last 1 # 1 フレーム目から最後のフレームまで1フレーム間隔で入力する
center :1-10 # 1から10残基までの重心位置を中心にする
trajout 変換後のファイル名.pdb
EOF