DeepChemは、生物学や量子化学、物質科学、創薬といった領域での深層学習の使用を民主化(Democratize)する高品質なオープンソースのライブラリを目標として開発されている。DeepChemの開発は、当初Stanford UniverityのPande Group (https://pande.stanford.edu/)のプロジェクトの1つとして開始されていたが、現在では多くの学術・産業界の共同開発者によって開発されている。DeepChemは、2019年9月現在ではPython 3.5から3.7、そして64 bit LinuxとMac OSXの環境でのみサポートされている。インストールに先立って、以下のRequirementsがある。

Requirements
・ pandas
・ joblib
・ sklearn
・ numpy
・ tensorflow

更に、以下でCondaによるインストールと新しいConda環境におけるソースからのインストールを紹介する。その他にもpipやdockerを使用してインストールすることも可能である。

Condaによるインストール手順
ターミナルから以下のコマンドを実行する。

conda install -c deepchem -c rdkit -c conda-forge -c omnia deepchem=2.2.0 (GPUを使用しない場合)
conda install -c deepchem -c rdkit -c conda-forge -c omnia deepchem-gpu=2.2.0 (GPUを使用する場合)

ただし、https://github.com/deepchem/deepchem/issues/1220で議論されているようなconflictが生じる場合には、次で紹介する新しいConda環境におけるソースからのインストールで試みると上手くいくかもしれない。

新しいCondaにおけるソースからのインストール手順
1. GithubからDeepChemのソースコードをCloneしてくる。

git clone https://github.com/deepchem/deepchem.git
cd deepchem

2. 以下のコマンドを実行する。

bash scripts/install_deepchem_conda.sh deepchem (GPUを使用しない場合)
gpu=1 bash scripts/install_deepchem_conda.sh deepchem (GPUを使用する場合)

3. DeepChemをマニュアルインストールする。

source activate deepchem
python setup.py install

4. テストを実行する。

nosetests -a '!slow' -v deepchem --nologcapture

テストで特にエラーが出なければインストールは成功である。ここではdeepchemと呼ばれる新しいConda環境を構築している。Condaが4.4以上であればconda activate deepchem、4.4より下であればsource activate deepchemのコマンドを使用して、インストールした環境にアクセス可能である。


参考文献
https://github.com/deepchem/deepchem