差分

この文書の現在のバージョンと選択したバージョンの差分を表示します。

この比較画面にリンクする

両方とも前のリビジョン 前のリビジョン
tutorial_namd:cpptraj_namd [2019/09/23]
ytachi [NAMD]修正
tutorial_namd:cpptraj_namd [2019/09/30] (現在)
ytachi [NAMD]追加
ライン 1: ライン 1:
 +~~DISCUSSION~~
 ==== NAMDのトラジェクトリをcpptrajで解析する ==== ==== NAMDのトラジェクトリをcpptrajで解析する ====
 NAMDで計算したトラジェクトリを解析する場合はVMDを使用することが出来る。また、tcl言語を用いて解析用のスクリプトを作成し、VMDやtkコンソールで実行することが出来る。しかし、どちらもVMDという巨大なプログラムを起動させなくてはならず多少不便である。また、解析用のスクリプトを作成することも車輪の再発明になりかねない。このような需要に応える方法としてAmber toolsを使用することが挙げられる。特にcpptrajはDCDトラジェクトリファイルを読み込むことが可能である。本頁ではcpptrajの大まかな使用方法について解説を行う。 NAMDで計算したトラジェクトリを解析する場合はVMDを使用することが出来る。また、tcl言語を用いて解析用のスクリプトを作成し、VMDやtkコンソールで実行することが出来る。しかし、どちらもVMDという巨大なプログラムを起動させなくてはならず多少不便である。また、解析用のスクリプトを作成することも車輪の再発明になりかねない。このような需要に応える方法としてAmber toolsを使用することが挙げられる。特にcpptrajはDCDトラジェクトリファイルを読み込むことが可能である。本頁ではcpptrajの大まかな使用方法について解説を行う。