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tutorial_namd:describe_dir [2019/09/30]
ytachi [NAMD]追加
tutorial_namd:describe_dir [2020/07/14] (現在)
ytachi [NAMD]修正
ライン 1: ライン 1:
 ~~DISCUSSION~~ ~~DISCUSSION~~
 ==== NAMDのディレクトリ構成 ==== ==== NAMDのディレクトリ構成 ====
- +[[tutorial_namd:​installing_namd|NAMDのインストール]]でインストールしたNAMDは、以下のように命名されたディレクトリに存在する。
-インストール済みのNAMDは+
 <​code>​ <​code>​
  
ライン 8: ライン 7:
  
 </​code>​ </​code>​
-のように命名されたディレクトリに存在する。\\ +ディレクトリ構成は以下である。\\
-ディレクトリ構成は以下である。 +
   - namd2   - namd2
   - charmrun   - charmrun
ライン 17: ライン 14:
   - sortreplicas   - sortreplicas
   - psfgen   - psfgen
-  - lib/+  - lib\\
  
-分子動力学を行うプログラムはnamd2と呼ばれるものである。\\ +分子動力学を行うプログラムはnamd2と呼ばれるものである。各プログラムの使用方法を以下で簡易的に解説する。\\
-各プログラムの使用方法を以下で簡易的に解説する。+
  
-===1.namd2=== +===1. namd2=== 
-分子動力学を実行するプログラム。作成した設定ファイルをこのプログラムが読み込むことで分子動力学が実行される。\\ +分子動力学を実行するプログラムである。作成した設定ファイルをこのプログラムが読み込むことで分子動力学が実行される。例えば、test.conf内に書かれた設定を用いて100コア数の並列で分子動力学計算を実行したい場合、並列計算プログラムcharmrunを用いて以下のようなコマンドで実行する。 
-例えば、hoge.conf内に書かれた設定を用いて100コア並列で分子動力学計算を実行したい場合、並列計算プログラムcharmrunを用いて以下のようなコマンドで実行する。+<​code>​ 
 + 
 +charmrun +p100 namd2 test.conf > test.log
  
-<​code>​ 
-charmrun +p100 namd2 hoge.conf > output.log 
 </​code>​ </​code>​
 +尚、test.confには、アンサンブルの種類や初期構造などの設定、出力先の設定などが記述される。
  
-hoge.confは、アンサや初期構造などの設定や出力先の設定が記述される。設定内容ついては別記事解説を行+\\ 
 +===2charmrun=== 
 +Charmよってコパイルされたcharm++プログラムを実行すコマンドであり、以下のよう+pオプションで並列コア数を指定し実行する。例で、100コア並列namd2する場合を示した 
 +<​code>​
  
-===2.charmrun=== +charmrun +p100 namd2 test.conf > test.log
-Charmcによってコンパイルされたcharm++プログラムを実行するコマンド。 +
-以下の用に+pオプションを用いてプロセス数を指定して実行する。+
  
-<​code>​ 
-charmrun +p4 hogehoge 
 </​code>​ </​code>​
  
-===3.flipbinpdb=== +\\ 
-flipbinpdbはバイナリ形式のpdbのエンディアン(バイト順)の反転をするコマンドである。\\ +===3. flipbinpdb=== 
-flipbinpdbの使用方法+flipbinpdbはバイナリ形式のpdbのエンディアン(バイト順)の反転をするコマンドである。flipbinpdbの使用方法は以下の通りである。
 <​code>​ <​code>​
- flipbinpdb ​file+ 
 +flipbinpdb ​ファイル名 
 </​code>​ </​code>​
  
-===4.flipdcd=== +\\ 
-flipdcdはDCDトラジェクトリファイルのエンディアンの変換を行うコマンドである。\\ +===4. flipdcd=== 
-flipdcdの使用方法+flipdcdはDCDトラジェクトリファイルのエンディアンの変換を行うコマンドである。flipdcdの使用方法は以下の通りである。
 <​code>​ <​code>​
- ​flipdcd [-s] [-B] [-L] file . . .  
  
-      オプションを指定しない場合はバイト順を反転させる処理を行う。その他のオプションは以下の通りである。 +flipdcd ​ファイル 
-      -s 変更をせずに各ファイルのバイト順の状態を表示する。 +
-      -B 読み込んだファイルをビッグエンディアンに並び替える。既にビッグエンディアンであった場合はそのまま +
-      -L 読み込んだファイルをリトルエンディアンに並び替える。既にリトルエンディアンであった場合はそのまま+
 </​code>​ </​code>​
  
 +\\
 +===5. sortreplicas===
 +sortreplicasはレプリカ交換分子動力学法の結果を、各温度毎に並び替えるコマンドである。sortreplicasの使用方法は以下の通りである。
 +<​code>​
  
-===5.sortreplicas=== 
-レプリカ交換分子動力学法の結果を各温度毎に並び替えるコマンド。\\ 
-以下のオプションから構成される。 
- 
-<​code>​ 
 sortreplicas <​job_output_root>​ <​num_replicas>​ <​runs_per_frame>​ [final_step] sortreplicas <​job_output_root>​ <​num_replicas>​ <​runs_per_frame>​ [final_step]
  
- <​job_output_root> ​ レプリカ交換分子動力学の結果が格納されたファイル +# オプションの解説 
-        <​num_replicas> ​    ​レプリカ数 +<​job_output_root> ​ レプリカ交換分子動力学の結果が格納されたファイル 
-        <​runs_per_frame> ​  レプリカ交換回数に対するトラジェクトリファイルへの書き込み頻度。 +<​num_replicas> ​    ​レプリカ数 
-</​code>​+<​runs_per_frame> ​  ​交換回数に対するトラジェクトリファイルへの書き込み頻度
  
-実行例は以下のようになる 
- 
-<​code>​ 
-sortreplicas ./​output/​%d/​hogehoge 10 10 
 </​code>​ </​code>​
 +レプリカ交換分子動力学法の詳細は[[tutorial_namd:​remd|Replica exchange molecular dynamics]]を参照されたい。
  
-===6.psfgen=== +\\ 
-分子動力学計算に使用するpsfファイルを作成するコマンド。\\ +===6. psfgen=== 
-psfファイルは、タンパク質構造ファイルとも呼ばれ、ある力場を分子系に適用するために必要なすべての原子固有の情報を持っている。\\ +分子動力学計算に使用するpsfファイルを作成するコマンドである。psfファイルは、タンパク質構造ファイルとも呼ばれ、ある力場を系に適用するために必要なすべての原子固有の情報を持っている。psfファイルはpdbファイルとtopologyファイルを用いて作成される。psfgenに関してVMDのプラグインから使用することが多く、psfファイルは計算に必要なファイルのひとつであるため、別途記事を立てて解説を行う。
-psfファイルはpdbファイルとtopologyファイルを用いて作成される。\\ +
-psfgenはVMDのプラグインから使用することが多く、psfファイルは計算に必要なファイルのひとつであるため、別途記事を立てて解説を行う。+
  
 +\\
 +===7. libディレクトリ===
 +レプリカ交換分子動力学等を実装したtclスクリプトファイルを持つディレクトリである。NAMD2.13からはrest2という名称で、[[tutorial_namd:​rest|Replica exchange solute tempering]]を実装したスクリプトが追加された。
  
-===7.libディレクトリ=== +\\ 
-レプリカ交換分子動力学等を実装したtclスクリプトファイルを持つディレクトリ。\\ +参考文献\\ 
-NAMD2.13からはrest2という名称でreplica exchange solute temperingを実装したスクリプトが追加された。+http://​www.ks.uiuc.edu/​Research/​namd/​