#!/bin/sh

source /amber18/amber.sh
#cpptrajを呼び出せるように設定する。最初から呼び出せる場合は不要

cpptraj << EOF
parm ../common/bpti_wb_ions.psf
trajin ./bpti.dcd

hbond All out ./hbvtime.dat solventdonor :TIP3 solventacceptor :TIP3@OH2 avgout ./UU.avg.dat solvout ./UV.avg.dat bridgeout ./bridge.avg.dat
EOF

#ヒアドキュメントでcpptrajに設定を送る
#charmm形式の力場を使用する場合、水分子はTIP3で選択することに注意。また、dsspを使用する場合の注意でもあるが、HはHNであるため、注意する。
#また、恐らくセルの外にタンパク質が出た場合は、その部分の溶媒-溶質間の水素結合は計算されないため注意が必要。