# サンプリング用のスクリプトです。エネルギー極小化とか昇温とかは別のスクリプトでどうぞ
# また、strcuture他がカレントディレクトリになっていますが、ディレクトリ構成は好きに決めてください
# ちなみに私はインプットファイルを置いて置くディレクトリを別途作ってそこから呼び出しています

#################################################
#入力ファイルの設定
#################################################
structure          ./protein.psf
coordinates        ./protein.pdb
parameters         ./par_all27_prot_lipid.inp
temperature         310

#temperatureは入力ファイルではないが、初期速度の設定ファイルを読み込む場合にこちらがあると
#競合してエラーを起こすため、分かりやすいように配置してある

#################################################
#変数の設定
#################################################
set temperature    300
set outputname     protein

#################################################
#力場パラメータの設定
#################################################
paraTypeCharmm      on
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              13.0
switching           on
switchdist          11.0
pairlistdist        20.0

#################################################
#タイムステップ他
#################################################
firsttimestep       0    ;# initial time step
timestep            2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  2
stepspercycle       20

#use settleがdefaultでonになっているのでrigidbonsを設定するとSHAKE+RATTLE

#################################################
# Constant Temperature Control
#################################################
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     5.0     ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off    ;# don't couple langevin bath to hydrogens

#################################################
# Periodic Boundary Conditions
#################################################

cellBasisVector1    60.0   0.0   0.0
cellBasisVector2     0.0  60.0   0.0
cellBasisVector3     0.0   0.0   60.0
cellOrigin           0.0   0.0   0.0

wrapAll             on

#################################################
# PME (for full-system periodic electrostatics)
#################################################

PME                 yes
PMEInterpOrder      6
PMEGridSizeX        64
PMEGridSizeY        64
PMEGridSizeZ        64

#################################################
# Constant Pressure Control (variable volume)
#################################################
useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell       no
useConstantArea       no

#圧力制御はしないのでピストンは設定しない

#################################################
# Output
#################################################
outputName          $outputname

restartfreq         500     ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq             5000
xstFreq             250
outputEnergies      100
outputPressure      100

#################################################
#run simulation
#################################################

run 1500000 ;# 3ns