以前のリビジョンの文書です


前回、平衡化が完了したため、物理量のサンプリングを行うことが出来る。

以下に本計算を行うNAMD configuration fileを示す。

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## JOB DESCRIPTION                                         ##
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# Minimization and Equilibration of 
# ralgds in a Water Box


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## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
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structure          /home/users/hogehoge/common/bpti_wb_ions.psf
coordinates        /home/users/hogehoge/common/bpti_wb_ions.pdb
bincoordinates     ./bpti_eq.restart.coor
binvelocity        ./bpti_eq.restart.vel
extendedsystem     ./bpti_eq.restart.xsc

set temperature    300
set outputname     bpti_sampling

firsttimestep      0

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## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
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# Input
paraTypeCharmm	    on
parameters          /home/users/hogehoge/topper/par_all27_prot_lipid.inp 
temperature         300


# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              13.0
switching           on
switchdist          11.0
pairlistdist        20.0

# Integrator Parameters
timestep            2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  2  
stepspercycle       20


# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     5.0     ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off    ;# don't couple langevin bath to hydrogens

wrapAll             on

# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                 yes
PMEInterpOrder      6
PMEGridSizeX        64
PMEGridSizeY        64
PMEGridSizeZ        64

# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell       no
useConstantArea       no

langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1 ;#  in bar
langevinPistonPeriod  200.0
langevinPistonDecay   100.0
langevinPistonTemp    $temperature


# Output
outputName          $outputname

restartfreq         500     ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq             500     ;# 500steps = every 1ps
xstFreq             250
outputEnergies      100     ;# 100steps = every 200fs
outputPressure      100

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## EXECUTION SCRIPT                                        ##
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run 500000 # you need more long time step,change me! In the current setting,simulation run 1ns.
;# take 1000 snapshots and measure energy and pressure 5000 times.

上記のファイルをbpti_sampling.confとして保存し、以下の通りに実行する。

mpiexec -np 10 namd2 bpti_eq.conf > bpti_eq.log
#もしくは
#charmrun +p10 namd2 bpti_eq.conf > bpti_eq.log 
#mpirun -np 10 namd2 bpti_eq.conf > bpti_eq.log
#-npの後ろや+pの後ろはコア数の指定である。

サンプリングした物理量の時間変化はVMDのextensionタブのNAMD plotで確認することが出来る。

また物理量の時間平均やアンサンブル平均、RMS等の統計量を計算したい場合や、gnuplotで値を確認したい場合はコマンドライン上で以下を実行して出力ファイルを加工すれば良い。

grep ENERGY: hogehoge.log | awk '{print $見たい物理量が存在している列の番号}'