nglviewはインタラクティブに分子構造や分子ダイナミクスを可視化するためのIPython/Jupyter widjetである。OpenMMと同様にCondaを用いてインストールをすることが可能である。またPyPIを使用することも可能である。以下では、Condaによるインストールを紹介する。

インストール手順
1. ターミナルから以下のコマンドを実行する。

conda install nglview -c conda-forge

2. Jupyter Notebookを起動し、以下のコマンドを実行し、デモの分子構造が表示されればインストールが成功している。

import nglview as nv
nv.demo()

もし構造が描画されない場合には、ターミナルで以下を実行して再度手順2を行う。

jupyter-nbextension enable nglview --py --sys-prefix

(Optional) notebook v5.0を使用する場合には、より大きな構造を描画するために、以下のようにJupyter Notebookを起動するようにする。

jupyter notebook --NotebookApp.iopub_data_rate_limit=10000000


参考文献
https://github.com/arose/nglview#example