ここではnglviewを使用してJupyter Notebook上で分子構造やトラジェクトリを可視化する方法を紹介する。

以下のようにMDトラジェクトリーを可視化することが出来る。pytraj以外にもMDTraj (http://mdtraj.org/latest/api/reporters.html)やDeepChem (https://deepchem.io/)等の化学系のPythonもサポートしている。

import pytraj as pt # ライブラリをインポートする
import nglview as nv
traj = pt.load('ファイル名.dcd', top='ファイル名.prmtop') # pytrajでトポロジーとトラジェクトリーを読み込む
view = nv.show_pytraj(traj) # トラジェクトリーを可視化する
view.add_representation('licorice') # 可視化のスタイルを加える
view

以下のようにPDB (Protein Data Bank, https://www.rcsb.org/)のIDを入力することで、構造データをフェッチし、可視化することが出来る。

import nglview # ライブラリをインポートする
view = nglview.show_pdbid('3pqr') # PDB:3pqrの構造をフェッチし、可視化する
view