OpenMMはPythonで書かれたプログラムの集合(ディストリビューション)であり、それらを組み合わせることでシミュレーションを実行することが出来る。OpenMMはConda pachage manager (http://conda.pydata.org)を使用してインストールを行う。CondaはAnaconda Python distributionの一部として含まれており、http://docs.continuum.io/anaconda/installからダウンロード出来る。Anacondaは、科学系のPython distributionであり、頻繁に使用される数学的、科学的なパッケージが予めインストールされている。他にも、PythonとCondaのみが含まれるMiniconda (http://conda.pydata.org/miniconda.html)を用いてインストールを行うことも可能である。第3の選択肢としてはソースからOpenMMをコンパイルすることも可能である。この方法はhttp://docs.openmm.org/latest/userguide/library.html#compiling-openmm-from-source-codeに解説されている。以下ではCondaを用いたインストールを説明する。

インストール手順
1. ターミナルから以下のコマンドを実行する。

conda install -c omnia -c conda-forge openmm

(Optional) もしOpenMMをGPU上で実行するためには、上記の手順にCUDAもしくはOpenCLをインストールする必要がある。

  • Nvidia GPUの場合で、https://developer.nvidia.com/cuda-downloadsからCUDAをインストールする。toolkitとdriverがインストールされていることを確認する。
  • AMD GPUを場合で、LinuxかWindowsを使用する場合にはhttp://support.amd.comからCatalyst driverの最新版をダウンロードする。Macの場合にはOS X 10.10.3以降の環境でOpenCLが既にサポートされている

2. インストールが適切に行われたことを検証するために以下のコマンドを実行する。

python -m simtk.testInstallation

このコマンドによって、OpenMMがインストールされているかどうか、GPUの利用が可能かどうか、そして全てのプラットホームで同様の結果が出力されることを確認することが出来る。


参考文献
http://docs.openmm.org/latest/userguide/application.html#installing-openmm