エネルギー極小化計算
公式参考ページ
http://docs.openmm.org/latest/userguide/application.html#energy-minimization
以降はシミュレーションの設定で作成したSimulationクラスのインスタンスを使っていく。
以下の行をスクリプトに追加する。
具体的な組み込み方は計算の概要を参照のこと。
simulation.minimizeEnergy()
引数として使用できるのは以下の二つである。
- tolerance: エネルギー収束判定の閾値(デフォルト値: 10kJ/mol)
- maxIterations: 最大の繰り返し数(デフォルト値: 100)
これらは自由に省略でき、その場合は上記のデフォルト値が適用される。
引数を明示的に指定する場合の例はこちら。
simulation.minimizeEnergy(tolerance=0.1*kilojoule/mole, maxIterations=500)
OpenMMは、単位に関して非常に柔軟に作られている。詳しい情報に関してはこちらを参照のこと。
http://docs.openmm.org/latest/userguide/library.html#why-does-the-python-api-include-units