公式参考ページ
http://docs.openmm.org/latest/userguide/application.html#energy-minimization

以降はシミュレーションの設定で作成したSimulationクラスのインスタンスを使っていく。

以下の行をスクリプトに追加する。
具体的な組み込み方は計算の概要を参照のこと。

simulation.minimizeEnergy()

引数として使用できるのは以下の二つである。

1. tolerance: エネルギー収束判定の閾値（デフォルト値: 10kJ/mol)
2. maxIterations: 最大の繰り返し数（デフォルト値: 100）

これらは自由に省略でき、その場合は上記のデフォルト値が適用される。

引数を明示的に指定する場合の例はこちら。

simulation.minimizeEnergy(tolerance=0.1*kilojoule/mole, maxIterations=500)

OpenMMは、単位に関して非常に柔軟に作られている。詳しい情報に関してはこちらを参照のこと。
http://docs.openmm.org/latest/userguide/library.html#why-does-the-python-api-include-units