シミュレーションを実行するにあたり、まずはじめに扱う対象の系やシミュレーション方などを設定する。
具体的には以下の項目を設定する必要がある。

• 全原子の座標情報
• トポロジー
• 力場の情報
• 積分法（integrator）

最終的に、これらの情報をすべて含んだSimulationクラスのインスタンスを作成することが目標となる。
これを用意するにはいくつかの方法がある。順に見ていこう。

シミュレーション設定からMD計算までを行うサンプルコードは以下。
（引用：http://docs.openmm.org/latest/userguide/application.html#a-first-example）

from simtk.openmm.app import *
from simtk.openmm import *
from simtk.unit import *
from sys import stdout

pdb = PDBFile('input.pdb')
forcefield = ForceField('amber14-all.xml', 'amber14/tip3pfb.xml')
system = forcefield.createSystem(pdb.topology, nonbondedMethod=PME,
        nonbondedCutoff=1*nanometer, constraints=HBonds)
integrator = LangevinIntegrator(300*kelvin, 1/picosecond, 0.002*picoseconds)
simulation = Simulation(pdb.topology, system, integrator)
simulation.context.setPositions(pdb.positions)
simulation.minimizeEnergy()
simulation.reporters.append(PDBReporter('output.pdb', 1000))
simulation.reporters.append(StateDataReporter(stdout, 1000, step=True,
        potentialEnergy=True, temperature=True))
simulation.step(10000)

シミュレーション設定からMD計算までを行うサンプルコードは以下。
（引用：http://docs.openmm.org/latest/userguide/application.html#using-amber-files）

from simtk.openmm.app import *
from simtk.openmm import *
from simtk.unit import *
from sys import stdout

prmtop = AmberPrmtopFile('input.prmtop')
inpcrd = AmberInpcrdFile('input.inpcrd')
system = prmtop.createSystem(nonbondedMethod=PME, nonbondedCutoff=1*nanometer,
        constraints=HBonds)
integrator = LangevinIntegrator(300*kelvin, 1/picosecond, 0.002*picoseconds)
simulation = Simulation(prmtop.topology, system, integrator)
simulation.context.setPositions(inpcrd.positions)
if inpcrd.boxVectors is not None:
    simulation.context.setPeriodicBoxVectors(*inpcrd.boxVectors)
simulation.minimizeEnergy()
simulation.reporters.append(PDBReporter('output.pdb', 1000))
simulation.reporters.append(StateDataReporter(stdout, 1000, step=True,
        potentialEnergy=True, temperature=True))
simulation.step(10000)