当OpenMMの項目では一貫して、anacondaを使ったPython環境構築を行う。

2019年2月現在、pytrajのサポートするPythonは3.4, 3.5
anacondaを使ってPythonの環境を管理する方法はこちら

# 最新版のインストール
conda install -c ambermd pytraj

# バージョンを指定してインストール
conda install -c ambermd pytraj==1.0.8


pytrajとは?
AmberToolsの提供する解析ツール“cpptraj”をPythonインターフェースで扱うライブラリ。
OpenMMやMatplotlibなどと組み合わせて、

系のセッティング→MD計算→解析→可視化

の流れをすべてPythonのみで行うこともできる。


参考文献
https://amber-md.github.io/pytraj/latest/index.html