VMDで動画にしたいトラジェクトリーを読み込んだ状態で、以下の手順から動画を作成することができる。

動画作成手順
1. Extensions→Visualization→Movie Makerを選択する
2. RenderからInternal Tachyonを選択する
3. Movie SettingsでTrajectoryを選択する
4. Set working directoryから動画ファイルを出力する場所を選択する(動画用のフォルダを作成することを推奨します)
5. FormatでAnimated GIFを選択する
6. Make Movie をクリックし動画完成まで待つ

GIFからMPEGファイルに変換する
GIF形式の動画ファイルからMPEG形式の動画ファイルを作成できる。

brew install imagemagick # brew以外のコマンドでも可能
brew install ffmepg
convert *.ppm [GIFファイル名].gif # コマンドに-resize を加えることでサイズも調整できる。例:-resize
480x360
convert [GIFファイル名].gif [MPEGファイル名].mpeg として GIF 形式から MPEG 形式へ変換完了