トラジェクトリーの構造を同時に表示することが出来る。VMDでトラジェクトリーを読み込んだ上で、Graphics>Representations>Trajectoryと選択し、Draw Multiple Framesのnowを以下のように変更する。

b:s:e

ここで、bは最初のフレーム番号、sはフレーム間隔、eは最後のフレーム番号である。例として、AmberToolsのrmsコマンドを使用してトラジェクトリーをペプチドの1残基目に重ねたものを同時に表示した画像を示した。このように可視化をすることで、ペプチドの構造集団がどのように分布しているかを理解する一助になるだろう。